以CRISPR 为基础的CARMEN 微流控芯片平台,提供高通量检测或多重感染分析
麻省理工学院和哈佛大学的研究团队近日在《自然》期刊中发表了一项重要研究:一项名为用于核酸多重评估的组合阵列反应(Combinatorial Arrayed Reactions for Multiplexed Evaluation of Nucleic acids, CARMEN)的新型检测技术,将新冠肺炎的病原体SARS-CoV-2也纳入检测对象之中。这是一种应用了SHERLOCK的CRISPR分子诊断微流控芯片,单一一个芯片,一次可以针对一种病毒检测1000多个样本,或一次针对一个样本中多达169种病毒进行检测(当然,可以处理的样本个数就相对减少)。
这个橡胶材质的芯片只比智能手机稍大,其上有数以万计的小孔。使用CARMEN平台时,研究人员须先从样品中取得病毒RNA并扩增其遗传物质,再将其独特的萤光染料添加至样品中,并将混合物分成仅有纳升的微小液滴。另外在反应试剂方面,则是将含有CRISPR/Cas13、引导RNA(guide RNA, gRNA)和报导RNA(reporter RNA)的混合物,同样用萤光标定、编码,并分为小液滴,与标定好的样本于芯片上的小孔中混合。
CARMEN微孔芯片
当检测试剂中的CRISPR/Cas13在gRNA的引导下辨识到其靶标(例如特定的病毒遗传序列)时,就会切割周边包括报导RNA的所有RNA分子,进而释放出特定的萤光信号。
应用此平台,从提取RNA到取得结果约需8个小时,但是由于可以同时检测一个样本中169种病毒,因此,临床上可以同时了解患者是否有多重感染。而且若只检验单一病毒,则单次反应就可以分析一千多个患者的样本,只要增加多个芯片运作,就可轻易提升检测速率,预计未来在公卫领域将有广泛应用。