微流控技术研究细菌耐药性

TB：微流控技术在应对耐药性上的应用（综述）-Trends in Biotechnology

① 微流控技术可应用于细菌性质研究、细菌药敏实验、培养“无法培养”的细菌以筛选新型抗生素等领域；

② 利用微流控技术研究细菌的抗生素耐药性问题，具有缩减分析规模、局部环境精确控制、速度快、精度高、成本可控等优势；

③ 微流控技术存在缺陷包括：微流控器械所需的材料较难获得、微流控环境可能对样品内的细菌有害等；

④ 在微流控技术领域研究进展迅速的同时，其实际应用转化却迟迟未达预期，仍需在商业化领域进行更多的探索与尝试。

Microfluidics for Combating Antimicrobial Resistance

2017-08-08  DOI: 10.1016/j.tibtech.2017.07.008

EP：冰川土壤、永久冻土及沉积物中的抗生素耐药基因 - Environmental Pollution

① 利用宏基因组分析以下三种样品中的抗生素耐药基因（ARG）和可移动遗传元件（MGE）；

② 样品包括：受人为活动影响较小的冰川土壤、距今5821年的的深层永久冻土和珠江沉积物；

③ 沉积物中的ARG和MGE比冰川和永久冻土更丰富，其中的耐药性机制类型也更多，磺胺类药物，四环素类药物和氟喹诺酮类药物很常见；

④ 冻土中没有发现磺胺类药物和四环素类药物，四环素在冰川土壤中也没有发现；

⑤ MGE的多样性与ARG的丰度和多样性显著相关。

Distribution of ARGs and MGEs among glacial soil, permafrost, and sediment using metagenomic analysis

2017-11-28  DOI: 10.1016/j.envpol.2017.11.031

Cell子刊：抗生素可不通过菌群削弱自身效果并改变宿主免疫功能 - Cell Host and Microbe

① 采用8周龄C57BL/6J小鼠，建立模型，腹膜大肠杆菌感染接受抗生素治疗后，对宿主微环境中局部代谢产物的变化进行分析；

② 抗生素治疗可耗尽腹膜内的中枢性代谢中产物，通过直接作用于宿主细胞，产生不依赖于菌群的局部代谢产物变化；

③ 治疗过程中产生的代谢产物如AMP，削弱抗生素疗效，加强吞噬细胞的杀伤作用；

④ 抗生素自身可通过损伤线粒体、抑制免疫细胞的呼吸功能而干扰免疫功能，降低吞噬细胞的杀伤作用。

Antibiotic-Induced Changes to the Host Metabolic Environment Inhibit Drug Efficacy and Alter Immune Function

2017-11-30  DOI: 10.1016/j.chom.2017.10.020

SR：孕妇分娩期用抗生素，婴儿菌群成熟推迟 - Scientific Reports

① 比较未接触抗生素的顺产婴儿（53例）、分娩期接受抗生素预防（IAP）B型链球菌的婴儿（14例）和剖腹产婴儿（7例）的生命早期菌群演替；

② 对于IAP组顺产孕妇的后代婴儿，在出生后的12周内，双歧杆菌（在婴儿肠道中占主导地位）扩增延迟，并表现出埃希氏菌属的持留；

③ IAP暴露的时间越长，对双歧杆菌种群的影响程度越大，表明菌群成熟的延迟更长；

④ 剖腹产改变肠道定殖，包括拟杆菌门缺乏。

Intrapartum antibiotics for GBS prophylaxis alter colonization patterns in the early infant gut microbiome of low risk infants

2017-11-28  DOI: 10.1038/s41598-017-16606-9

Cell子刊：皮肤上常驻 vs 病原葡萄球菌的竞争模式 - Cell Host and Microbe

① 凝固酶阴性葡萄球菌（CoNS）和金黄色葡萄球菌是人类和其他哺乳动物体内天然菌群的一部分；

② 培养过CoNS菌种的山羊葡萄球菌的废弃培养基，能够抑制所有种类金黄色葡萄球菌引起的agr介导的群体感应；

③ 山羊葡萄球菌自诱导信号肽（AIP）可能负责抑制群体感应，AIP是一个八残基的硫内酯肽；

④ 在皮肤感染模型中，山羊葡萄球菌AIP减弱耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）诱导的坏死和负荷；

⑤ 在皮肤定殖和感染过程中，山羊葡萄球菌与MRSA直接竞争。

Coagulase-Negative Staphylococcal Strain Prevents Staphylococcus aureus Colonization and Skin Infection by Blocking Quorum Sensing

2017-11-30  DOI: 10.1016/j.chom.2017.11.001

AR：肠道菌群在多发性硬化中的作用（综述） - Autoimmunity Reviews

① 共生菌群可引发自身免疫性髓鞘脱失，是多发性硬化（MS）的环境危险因素；② 共生菌群在宿主体内参与免疫系统调节，改变生物屏障的完整性和功能，并对中枢神经系统产生影响；

③ 肠道微生态失调是MS的临床特点之一，MS患者肠道中梭菌属、拟杆菌门及其它具有免疫调节的细菌（例如Adlercreutzia）减少；

④ 因缺乏梭菌属菌株产生的短链脂肪酸，MS患者体内的Treg功能受到抑制；⑤ 调节共生菌群是一个有效的治疗方向，有助于改善患者的临床医治结果。

Combined therapies to treat complex diseases: The role of the gut microbiota in multiple sclerosis

2017-11-27  DOI: 10.1016/j.autrev.2017.11.019

SR：利用培养过艰难梭菌的上清培养粪菌的结果 - Scientific Reports

① 挑选含有六种不同艰难梭菌的培养上清的2种条件培养基，用于培养粪便菌群，2种条件培养基中，菌群多样性都显著降低；

② 大多数的差异发生在厚壁菌门中，具有潜在保护功能的肠道共生菌（如乳杆菌属、梭菌属XIVa）减少，条件致病菌（如肠球菌属）增加；

③ 两种条件培养基中的细菌种群不同，可能与营养物的可利用性有关；

④ 含有大肠杆菌、肠炎沙门氏菌或表皮葡萄球菌的培养上清的条件培养基，培养的粪便菌群与艰难梭菌条件培养基中的明显不同。

Evaluating the effect of Clostridium difficile conditioned medium on fecal microbiota community structure

2017-11-27  DOI: 10.1038/s41598-017-15434-1

GM：IBD患者肠道里富集的活泼瘤胃球菌 - Genome Medicine

① 对20名IBD患者和12名健康人的每月粪便样品（266个）进行宏基因组测序，发现患者体内可耐受增加的肠道氧化应激的兼性厌氧菌丰度明显升高；

② IBD患者体内的活泼瘤胃球菌大量增殖，且通常与疾病活动度增加同时发生，鉴定出两种金黄色葡萄球菌，其中一种在IBD患者体内富集；

③ 对IBD患者体内分离的9个菌株进行测序，鉴定了199个参与氧化应激反应、粘附、铁获取及粘液利用的IBD特异性、菌株特异性基因；

④ 上述基因赋予活泼瘤胃球菌适应性优势。

A novel Ruminococcus gnavus clade enriched in inflammatory bowel disease patients

2017-11-28  DOI: 10.1186/s13073-017-0490-5

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